Nuove decimi de la popolazione aveva essuto esterminata.

Le cause di tale atroce massacro sono stati molti. Tasse disproporzionate esplotavano e facevano più poveri ai indigini. Le ribellioni furono sopprimite mediante una incredibile crudeltà, e furono castigati mediante un duro lavoro di schiavi in mine e obrajes. Tampoco furono gli indigini capaci di resistere le molteplici infermitè portate di Europa, contra le quali non avevano difese immunologico.

Il mondo andino fu posto di testa. Di suoi originali ostelli, al livello di mezza montagna , dove potevano stare sicuri di potere avere cibo tutto il anno, gli indigini furono riassegnati nelle valli per facilitare la raccolta di tasse. Famiglie intere furono disseminati, per ragioni di tasse, verso gli obrajes, mine, aziende e come serventi in mansioni urbani, suoi coltivamenti furono abbandonati e le moglie considerate come parte del bottino per i saldati e padroni di propietarii. Famiglie disintegrate e comunitè indigini furono severamente colpite.

La religione fu anche altro importante istrumento di conquista. Le colture preincaice e Inca adoravano a dii direttamente relazionati con sue vite: il Sole, che sostené la vita, la Luna che rivelava quando una stazione era buona per la semina; il acqua che fertilizzava la terra; le montagne attorni di sue case; e certi animali, per sua fortezza. Questo gruppo intero di credenza fu attaccato con sangue e ferro, e rimpiazzato per un dio estraneo e invisibile.

Il periodo coloniale del Perú devastò un sistema economico e sociale basato nella utilizzazione armonica e ragionevole dei ricorsi naturali. In suo luogo fu stabilita una economia irragionevole, basata nella estrazione di materia prima, e nella esplotazione della popolazione indigena del Perú.

Dentro di un periodo di 50 anni del totale di 286 anni, Espagna dispogliò al Perú una richezza di minerali che erano più di 185,000 kilogrami d'oro, e 16 milioni di kilogrami di argento. Tuttavia, la popolazione indigena del Perú non prendiò questa conquista riposando, bensi che, al contrario, gli indigini resisterono la penetrazione coloniale dal inizio. Solo nel secolo XVIII, c'era quattordici grandi levamenti, essendo i più eminenti, il levamento nella selva condotto per Juan Santos Atahualpa in 1742, e in 1780 il levamento nella giogaia condotto per Túpac Amaru.

Mentre si vincevano queste insurrezioni, e in un intento per appiastrare suoi ideali di fondo, gli spagnoli ordinarono la distruzione di tutte le tradizioni e manifestazioni dell'identità inca. Anche di altre espressioni colturali, proibirerono il uso di lingoe indigene, veste e istrumenti musicali. È per quello singolare che, dopo di tale crudele repressione e di decimare alla popolazione, tanti tradizioni indigene e attivi estetici avevano sopravvivito fino tempi moderni.