D'accordo a una di loro, Manco Cápac e Mama Ocllo, chi reciverono instruzioni di suo padre, il dio Sole, per fondare il Impero del Tahuantinsuyo, emergerono del Lago Tititaca. Il Impero Incaico fu diviso in quatro regioni- o suyos- uno di loro essendo il Collasuyo, che estendiò sopra la totalità della Meseta del Collao, includendo Puno.

Quando gli spagnoli arrivarono al Cusco a metà del secolo XVI ascoltarono di una gran richezza mineratora in questa regione, specialmente oro e argento. Le sanguinolenti battaglie risoltanti nel secolo XVII per la possessione di las Minas di Laikakota (9Km al ovest della città di Puno) obbligarono al Vicerè, Conde de Lemos, a viaggare al area per pacificarla, risultando nella fondazione della attuale Città di Puno, capitale del dipartamento, fondata il 4 di Novembre di 1668, chiamata San Carlos di Puno.

Con il passare del tempo, in suo sforzo di evangelizzare alla gente indígena del altiplano peruviano, i sacerdoti spagnoli erigerono belle chiese, con artiste di Puno chi impiantarono suo stile originale.