Le gesuite hanno fondato Iquitos in 1757 sopra il nomme di San Paolo dei Napeanos.Fu il primo porto del fiume Amazonas. Come nel caso di molte altre cittè fondate nella regione durante il secolo XVIII, Iquitos fu il punto dal quale i evangelisti comincianno a predicare la sua religione ai genti natale della zona.

Fino approssimativamente 1870, la popolazione della città fu minore a 2.000 abitanti.Tuttavia, in soltanto 10 anni, Iquitos aveva ecceduto i 10,000 abitanti.In 1880, centanaia di persone emigrarono a questa zona, attratti per la esplotazione di caucciú. Al inizio del secolo xx, la città ed il porto del fiume si fecero conosciuti nel mercato internazionale ciò que fomentò la incorporazione di un grande numero di ditte stranniere, così come anche la presenza dei spagnoli, italiani, portoghesi e tedeschi. La opulenza di quelli giorni è ancora percettibile in alcuni dei edifizi della città.

In 1971, la esplotazione del petrolio comincò con l'altri progetti per il uso dei recursi dei bosci.Circondata per i migliori preservati bosci dovuto al suo isolamento geografico, la regione Iquitos mostra caractteristiche inerente al ecosistema e gruppi natali che, in contatto con la civilizzazione, abitano principalmente nelle insenature del fiume Amazonas, Napo, Ucayali, Marañon e Nanay.

Questa parte della regione Amazonica peruviana è luogo di uno dei più grandi sisteme idografico del mondo, il bacino Amazónico che comincia nelle montagne dei Andes (Arequipa) dove il fiume Amazonas nasce, il fiume più copioso del mondo. È formato per la confluenza dei fiumi Ucayali e Marañon, circa della città di Nauta.