La regione di Iquitos ha un clima guazzoso allo lungo di quasi tutto il anno, con abbondanti precipitazioni tra Novembre e Aprile.

La temperatura metà è di 26°C, benchè può raggiungere i 36°C. Iquitos è accesibile per aria. Ci sono voli diarii da Lima (un'ora 45 minuti) e altri voli meno frequenti da Tarapoto (50 minuti), Pucallpa (un'ora) e Yurimaguas (40 minuti).

Si può arrivare a Iquitos per fiume da Nauta (nel fiume Amazonas), Yurimaguas (nel fiume Huallaga), Requena, Contamana e Pucallpa (nel fiume Ucayali), Leticia (Colombia) e Tabatinga e Manaos (Brasile).