Quando il Inca Cápac Yupanqui annessò questo territorio al Tahuantinsuyo, il regno di Cuismanco aveva prosperato lì, conseguendo promovere la unità colturale nel area: la lingoa Culle si aveva estendito, così come una serie di esseri divini, come Catequil (raggio), Su (sole), Chuip (estella), e Muñ (luna). In sua base, Cajamarca pronto si convertò in un importante centro di amministrazione, e allo lungo di suo impero, suoi tessitori si volgerono famosi per sua eccellencia.

Il 15 di Novembre di 1532, il Inca Atahualpa fu preso prigionero per un gruppo di spagnoli a chi Atahualpa offré una stanza piena d'oro e due stanze piene d'argento come pago per suo riscatto. Alcuni mesi dopo, il Inca fu sentenziato a morte per garrotta. Questo aprì un nuovo capitolo nell'istoria di questo territorio, nel che il popolo di San Antonio di Cajamarca fu consolidato, ergito nel secolo XVI nei resti della vecchia colonizzazione Inca. Le attivitè agricole e di mandria in aumento allora prosperarono, così come la produzione di tessili nei cantiere coloniali, e la magnifica architettura fu sviluppata. Da 1772, Cajamarca si volvé molto importante nella economia coloniale, da che la mina Hualgayoc fu scoperta, dando impulso alla ricuperazione dell'industria mineraria, la quale stava in decadenza. Attualmente, al mostrare suoi vestigii coloniali, Cajamarca mantene sua tradizione agrícola, artigianale e mineraria.