Quand les espagnols sont venus au Pérou, le recensement effectué par le dernier Quipucamayoc1 a indiqué qu'il y avait douze millions d'habitants. Seulement 45 ans après, sous le vice-roi Toledo, les chiffres de recensement avaient descendu à 1,110,00 d'indiens. Le 90% de la population avaient été tués.

Les causes de tel redoutable génocide a été beaucoup. Les impôts disproportionnés ont exploité et ont appauvri aux indiens. Des rébellions ont été supprimées par une incroyable cruauté et ont été punies par le travail dur dans la mine et les " obrajes ". Les indiens n'ont pas été capables de résister aux diverses maladies emmenés de l'Europe, contre lesquelles ils n'ont eu aucune défense immunologique.

Le monde andin a été tourné à l'envers. Des indiens ont été replacés de leurs logements originaux au niveau de la montagne où ils pourraient être sûrs de la nourriture toute l'année vers les vallées pour faciliter la perception de l'impôt. Des famille entières ont été dispersées a cause des impôts - " obrajes ", des travaux aux mines, les ranchs, et des travaux comme serveurs à la maison. Les récoltes ont été abandonnées et les femmes ont été considéré en tant qu'un élément du butin pour les soldats et des propriétaires fonciers.

La religion est devenu un autre instrument important de la conquête. Les cultures Inca et Pre-inca avaient adoré des dieux directement lies à leur vies : le soleil, qui a soutenu la vie ; la lune qui a indiqué quand la saison est exacte pour l'ensemencement : l'eau qui a fertilisé la terre ; les montagnes autour de leurs maisons ; et certaines animaux pour leur force. Cet ensemble entier des croyances a été attaqué avec le sang et le fer, et a été remplacé par un dieu étranger invisible.

La période coloniale au Pérou a détruit un système économique et social basé sur l'utilisation raisonnable et harmonique des ressources naturelles. À son lieu, a été établi une économie irrationnelle, basé sur l'extraction des matières premières et l'exploitation de la population indigène.

Dans le période totale de 286 ans, seulement en 50 ans, l'Espagne a volé au Pérou une richesse de minerais qui ont excédé 185.000 kilogrammes d'or et 16 millions de kilogrammes d'argent. Cependant, la population indigène péruvienne n'est pas reste tranquille en face de cette situation. Au contraire, les indiens ont résisté à la pénétration du système colonial dès le commencement. Au 18ème siècle seulement, il y a eu quatorze grands soulèvements. Le plus exceptionnel a été ce qui a eu lieu à la Forêt mené par Juan Santos Atahualpa en 1742 et en 1780 le soulèvement de la Sierra, mené par Tupac Amaru.
Tout en surmontant ces insurrections, et afin d'essayer d'écraser leur idéaux fondamentaux, les Espagnols ont commandé al destruction de toutes les traditions et manifestations d'identité d'Inca. Aussi bien des vêtements et des instruments musicaux. Il est donc remarquable que, en dépit d'une telle répression cruelle et décimation de leur population, beaucoup de traditions indigènes et capitaux esthétiques aient survécu aux temps mode.