La forêt amazonienne péruvienne est traversée par l'Amazonas, fleuve de grand débit, et peut se diviser en deux zones bien différenciées: la selva haute ou ceja de montaña, sur les 700 msnm, avec un climat subtropical et tempéré, des pluies abondantes (environ 3.000 mm par an) pendant les mois de novembre à mars et des journées ensoleillées entre les mois d'avril et octobre; et la selva basse (au dessous de 700 msnm) dont la période estivale a lieu entre les mois d'avril et octobre, période idéale pour le tourisme, avec des journées ensoleillées et de hautes températures allant souvent au delà de 35 °C.


Pendant ces mois, les rivières diminuent leur débit et les routes sont facilement transitables. Par contre, pendant la saison de pluies, entre les mois de novembre et mars, il y a souvent des précipitations (au moins une fois par jour). De ce fait il peut y avoir des inconvénients sur les voies d'accès terrestres. L'humidité de la selva est très forte tout au long de l'année.

Dans la région sud il y a parfois des chutes de température (appelées friajes ou surazos) à cause des fronts froids en provenance du sud du continent. Ce phénomene se présente entre les mois de mai et août et la température peut atteindre entre 8°C et 12 °C.