Selon un d'elles, Mano Capac et Maman Ocllo, émergés du Lac Titicaca ont reçu les instructions de leur père le Dieu Soleil de fonder l'Empire Tahuantinsuyo. L'Empire de l'Inca a été divisé en quatre régions ou suyos un d'eux a été le Collasuyo qui s'est étendu sur le Plateau entier de Collao, en comprenant Puno.

Quand les espagnoles ont atteint Cusco au midi du XVIsiècle, ils ont entendu parler de la grande richesse minière de cette région, spécialement or et argent. Les batailles sanglantes qui ont suivi au XVII siècle par la dispute de la possession des Mines de Laikakota (9kms à l'ouest de la ville de Puno) ont forcé le Vice-roi, Compte de Lemos, à voyager à la région pour la pacifier, en donnant comme résultat la fondation de la ville actuelle de Puno, capital du département le 4 novembre 1688, elle a été nommé San Carlos de Puno.

Avec le dépassement du temps, les prêtes espagnoles dans leur désir d'évangéliser les indigènes de l'Altiplano péruvien, ont édifié des belles églises, avec l'aide des artistes de Puno implantant leur style original.