Fondée par les Jésuites en 1557 sous le nom de San Pablo de los Napeanos. C'était le premier port sur le fleuve d'Amazone. Comme dans le cas de beaucoup d'autres villes fondées dans la région pendant le XVIIIème siècle, Iquitos était le lieu où les évangélistes ont commencé à réunir des fidèles entre les indigènes du secteur.

Jusqu'à 1870, la population de la ville était moins de 2,000 habitants. Cependant, dans seulement 10 ans, Iquitos a excédé le 10,000 habitants. En 1880, des centaines de personnes ont émigré à cet endroit, attirés para la caoutchouc. Au début de XXème siècle, la ville et le port fluviale sont devenus bien connus sur les marchés internationaux, qui ont stimulé l'incorporation d'un grand nombre de compagnies étrangères, aussi bien la présence des espagnols, des italiens, des portugais et des allemands. Le grandeur de ces jours est encore visible dans structure de quelques bâtiments de la ville.

En 1971, l'exploitation d'huile avait commencée avec plusieurs projets pour l'usage des ressources. Entouré par les meilleurs forêts préservées due à son isolement géographique, la région d'Iquitos montre des caractéristique inhérentes à l'écosystème de l'Amazone et aux groupes d'indigènes, qui sont en contact avec la civilisation mais qui habitent au bord du fleuve Amazone, de Napo, d' Ucayali, de Marañon et de Nanay.

Cette partie de la Région d'Amazone est le point de départ du plus grand système hydrographique dans le monde, le Bassin de l'Amazone, qui commence dans la chaîne
des montagnes des Andes (Arequipa) lieu de naissance du fleuve Amazone, le fleuve avec le plus grand volume de l'eau dans le monde. Elle est constitué par le confluent des fleuves : Ucayali et Marañon, près de la ville de Nauta.