Quand l'inca Cápac Yupanqui a intégré cette territoire au Tahuantinsuyo, le royaume de Cuismanco avait prospéré, essayant de encourager l'unité cultural dans le zone : la langue Culle fut diffusée et aussi une série d'êtres divins telles que Catequil ( le foudre), Su (le soleil) Chuip (l'étoile) et Muñ (la lune).
Sur cette base, Cajamarca est devenu un important centre d'administration Inca. Tout au long de l'empire, on peut voir l'excellence de ses tissus.

Le 15 de novembre 1532, l'Inca Atahualpa a été pris comme prisonnier par un groupe d'espagnoles , pour sauver leur vie il a offert une salle complètement remplie d' or et deux salles complètement rempli d'argent. Quelques mois après, l'inca a été condamné à mourir par le garrotte. Ceci a ouvert un nouveau chapitre dans l'histoire de ce territoire, sur lequel la ville de San Antonio de Cajamarca a été consolidée dans le XVIème siècle sur les restes vieux des activités agricoles et d'élevage. Dans cette période se sont développés les activités agricoles et d'élevages, ainsi comme la production des textiles dans les ateliers et une magnifique architecture.

Depuis 1772, Cajamarca est devenu très important dans l'économie coloniale puisque la mine de Hualgayoc a été découverte, provoquant le rétablissement de l'industrie minière qui était faible. Actuellement montant ses traces coloniales, Cajamarca maintient son tradition agricole, artisanal et minière.