Nueve décimos de la población había sido exterminada.

Las causas de tal atroz genocidio habían sido muchas. Impuestos desproporcionados explotaban y empobrecían a los indios. Las rebeliones fueron suprimidas mediante una increíble crueldad, y fueron castigados mediante una dura labor de esclavos en minas y obrajes. Tampoco fueron los indios capaces de resistir las múltiples enfermedades traídas de Europa, contra las cuales no tenían defensas inmunológicas.

El mundo andino fue puesto de cabeza. De sus originales viviendas, al nivel de media montaña, donde podían estar seguros de poder tener comida todo el año, los indios fueron reubicados en los valles para facilitar la recolección de impuestos. Familias enteras fueron diseminadas, por razones de impuestos, hacia los obrajes, minas, haciendas y como sirvientes en mansiones urbanas, Sus cultivos fueron abandonados y las mujeres consideradas como parte del botín para los soldados y dueños de terratenientes. Familias desintegradas y comunidades indígenas fueron severamente golpeadas.

La religión llegó a ser otro importante instrumento de conquista. Las culturas preincaicas e Inca adoraban a dioses directamente relacionados con sus vidas: el Sol, que sostenía la vida; la Luna, que revelaba cuando una estación era buena para la siembra; el agua que fertilizaba la tierra; las montañas alrededor de sus casas; y ciertos animales, por su fortaleza. Este grupo entero de creencias fue atacado con sangre y fierro, y remplazado por un dios extranjero e invisible.

El periodo colonial del Perú destruyó un sistema económico y social basado en la utilización armónica y racional de los recursos naturales. En su lugar fue establecida una economía irracional, basada en la extracción de materia prima, y en la explotación de la población indígena del Perú.

Dentro de un periodo de 50 años del total de 286 años, España robó al Perú una riqueza de minerales que excedían los 185,000 kilogramos de oro, y 16 millones de kilogramos de plata. Sin embrago, la población indígena del Perú no tomó esta conquista europea descansando, sino que , por el contrario, los indios resistieron la penetración colonial desde el inicio. Sólo en el siglo XVIII, hubo catorce grandes levantamientos, siendo los más sobresalientes, el levantamiento en la selva liderado por Juan Santos Atahualpa en 1742, y en 1780 el levantamiento en la sierra comandado por Túpac Amaru.

Mientras se vencían estas insurrecciones, y en un intento por aplastar sus ideales subyacentes, los españoles ordenaron la destrucción de todas las tradiciones y manifestaciones de la identidad inca. Además de otras expresiones culturales, prohibieron el uso de lenguas indígenas, vestido e instrumentos musicales. Es por eso singular que, después de tal cruel represión y de diezmar a la población, tantas tradiciones indígenas y activos estéticos hayan sobrevivido hasta tiempos modernos.