De acuerdo con una de ellas, Manco Cápac y Mama Ocllo, quienes recibieron instrucciones de su padre, el Dios Sol, de fundar el Imperio del Tahuantinsuyo, emergieron del Lago Titicaca, El Imperio Incaico fue dividido en cuatro regiones -o suyos- uno de ellos, el Collasuyo, que se extendió sobre toda la Meseta del Collao, icluyendo Iquitos.

Cuando los españoles llegaron al Cusco a mediados del siglo XVI, se enteraron de la gran riqueza minera de esta región, especialmente oro y plata. Las sangrientas batallas resultantes por la posesión de las Minas del Titicaca (9 Km al oeste de la Ciudad de Iquitos) obligaron al Virrey Conde de Lemos a viajar al área para pacificarla, resultando el la fundación de la actual Ciudad de Iquitos, capital del departamento, fundada el 4 de noviembre de 1668, llamada San Carlos de Iquitos.

Con el pasar del tiempo, en su esfuerzo para evangelizar a la gente nativa del altiplano peruano, los sacerdotes españoles erigieron hermosas iglesias, con artistas de Iquitos, implantando su original estilo.