Cuando el Inca Cápac Yupanqui anexó este territorio al Tahuantinsuyo, el reino de Cuismanco había prosperado ahí, consiguiendo promover la unidad cultural en el área: la lengua Culle se había extendido, así como una serie de seres divinos, como Catequil (rayo), Su (sol), Chuip (estrella), y Muñ (luna). En su base, Cajamarca pronto se convirtió en un importante centro de administración., y a lo largo de su imperio, sus tejedores se volvieron famosos por su excelencia.

El 15 de noviembre de 1532, El Inca Atahualpa fue tomado prisionero por un grupo de españoles a quienes Atahualpa ofreció un cuarto lleno de oro y dos cuartos llenos de plata como pago por su rescate. Unos meses después, el Inca fue sentenciado a muerte por garrote. Esto abrió un nuevo capítulo en la historia de este territorio, en el que el pueblo de San Antonio de Cajamarca fue consolidado, erigido en el siglo XVI en los restos de la vieja colonización Inca. Las actividades agrícolas y ganaderas en aumento entonces prosperaron, así como la producción de textiles en los talleres Coloniales, y la magnífica arquitectura fue desarrollada. Desde 1772, Cajamarca se volvió muy importante en la economía Colonial, desde que la Mina Hualgayoc fue descubierta, dando impulso a la recuperación de la industria minera, la cual estaba in en decadencia. Actualmente, al mostrar sus vestigios Coloniales, Cajamarca mantiene su tradición agrícola, artesanal y minera.