Der Legende nach sind Manco Cápac und Mama Ocllo dem Titkakasee entstiegen und folgten den Anweisungen ihres Vaters, dem Sonnengott, das Reich Tahuantinsuyo zu gründen. Das Inkareich wurde in vier Teile, oder Suyos, geteilt; ein Teil war das Collasuyo, welches sich über das ganze Plateau von Collao erstreckte und auch Puno erfasste.

Als die Spanier Mitte des 16. Jahrhunderts die Stadt Cusco erreichten, hörten sie von dem grossen Reichtum an Minen in dieser Region, besonders Gold und Silberminen. Im 17. Jahrhundert kam es zu blutigen Auseinandersetzungen um den Besitz der Minen von Laikakota (9 km westlich von Puno). Die Stadt Puno wurde am 4. November 1668 mit dem Namen San Carlos de Puno gegründet. Im Laufe der Zeit wurden von den spanischen Priestern, die versuchten die Einheimischen zu evangelisieren, viele schöne Kirchen errichtet.