Als der Inka Cápac Yupanqui dieses Gebiet dem Tahuantinsuyo unterwarf, gelang es dem Königreich von Cuismanco kuturelle Einheit in diesem Gebiet zu bewahren. Die Sprache Culle war verbreitet und auch einige Gottheiten wie Catequil (Blitz), Su (Sonne), Chuip (Stern), und Muñ (Mond). Cajamarca wurde zu einem wichtigen administrativen Zentrum der Inka und ihre Weber verfügten über exzellenten Ruf im ganzen Reich.

Am 15. November 1532 wurde der Inca Atahualpa von einer Gruppe Spaniern gefangen genommen. Er bot ihnen an einen Raum mit Gold und zwei mit Silber anfüllen zu lassen, wenn sie ihn frei lassen. Wenige monate später wurde der Inka zum Tode verurteilt. Dies war der Beginn einer neuen Geschichte dieser Region, wo die Stadt San Antonio de Cajamarca im 16. Jahrhundert auf den Grundmauern der inkaischen Siedlung errichtet wurde. Landwirtschaft und auch Textilproduktion florierten und es entwickelte sich auch eine wunderschöne Architektur. Seit 1772, als die HualgayocMine entdeckt wurde, gewann Cajamarca immer mehr an Bedeutung für die koloniale Wirtschaft. Nun begann sich eine Minen industrie zu entwickeln. Heute zeigt Cajamarca immer noch ihre kolonialen Züge und bewahrt ihre Tradition des Kunsthandwerks.