Neun zehntel der Bevölkerung wurde getötet.

Es gab viele Gründe für diesen dramatischen Genozid. Hohe Steuern beuteten die Bevölkerung aus und verarmeten diese. Rebelionen wurden unterdrückt und die Aufständischen Strafarbeit in den Minen schwerst bestraft. Die indigene Bevölkerung hatte auch keine immunologischen Abwehrkräfte gegen die vielen Kreankheiten, welche aus Europa eingeschleppt wurden.

Die andine Welt wurde völlig umgedreht. Die Bewohner wurden von ihren originalen Wohnortenin den Bergen, wo sie das ganze Jahr über sichere Nahrung hatten, in die Täler umgesiedelt, um den Steuereinzug zu erleichtern. Ganze Familien wurden aus Steuergründen zu Arbeitsdiensten in Minen oder Haciendas und als Diener in den städtischen Bereichen, zerstreut. Ihre Felder wurden verlassen und die Frauen wurden als Teil der Beute für Soldaten und Grundbesitzer betrachtet. Familien lösten sich auf und indigene Gemeinschaften wurden streng angeschlagen.

Religion wurde zu einem sehr bedeutenden Instrument der Eroberung. Inkas und pre-inkaische Kulturen, verehrten Götter, die direkt mit ihrem Leben verbunden waren: die Sonne, welche das Leben erhält; der Mond, der die Zeiten für die Ausaat angab; das Wasser, welches das Land fruchtbar macht; die Berge rund um ihre Häuser und bestimmte Tiere, aufgrund ihrer Stärke. Der ganze Glauben der Indigenas wurde mit Blut und Schwertern bekämpft und durch einen unsichtbaren, fremden Gott ersetzt.

Die Kolonialperiode in Peru zerstörte ein ökonomisches und soziales System, das auf der rationalen und harmonischen Anwendung der Naturresourcen basierte. Stattdessen wurde eine vernunftwidrige Wirtschaft hergestellt, basierend auf der Extraktion der Rohstoffe und der Ausnutzung der einheimischen Bevölkerung Perus.

In nur 50 Jahren der insgesamt 286 Jahre Kolonialzeit in Peru hat Spanien Mineralien im Wert von mehr als 185,000 Kilogramm Gold und 10 Millionen Kilogramm Silber geraubt. Wie auch immer, die peruanische Bevölkerung gab sich nach der Eroberung nicht geschlagen, ganz im Gegenteil, es kam im 18. Jahrhundert zu 14 langen Aufständen. Die bedeutendsten darunter waren: der Aufstand von 1742, geführt von Juan Santos Atahualpa und 1780 unter Tupac Amaru.

Nachdem diese Aufstände niedergeschlagen wurden, versuchten die Spanier die wichtigsten Ideale der Inkas zu zerstören. Sie ordneten die Zerstörung aller Traditionen und Äusserungen der inkaischen Identität an. Ebenso verboten sie kulturelle Ausdrücke, einheimische Sprachen, Kleidung und Musikinstrumente. Daher ist es auch erstaunlich und bemerkenswert, dass nach all diesen Repressionen und der Dezimierung der Bevölkerung soviele indigene Traditionen bis zur heutigen Zeit überlebt haben.