Die Eroberung beginnt, als die Spanier unter Francisco Pizarro (ihre Anzahl war unter 200 Mann) von Panama kommend, die Gebiete des Tahuantinsuyos in Norden bei Tumbes betraten. Sie rückten vor bis zur Stadt Cajamarca, welche am 16. November 1532 eingenommen wurde, nachdem Atahualpa, der letzte berühmte Kaiser des inkaischen Imperiums, gefangen genommen wurde. Anschliessend wurden alle Territorien Perus Stück für Stück erobert und unter spanische Herrschaft gestellt.

Faktoren, welche die Eroberung von Peru vorantrieben:

Politischer Faktor
Das Ziel der Spanier war sich als erste Nation Europas hervorheben zu können. Diese Ziele und Ideale Spaniens erhöhten sich, als sie an der Eroberung und der Kolonialisierung der reichsten Regionen der Neuen Welt teilnahmen. Diese Regionen waren auch gleichzeitig die berühmtesten Reiche des precolumbinischen Amerikas: das Imperium der Atzteken in Mexiko und das Imperium der Inkas in Peru. Beide Kulturen gingen im Zuge der Eroberung unter.

Militärischer und wissenschaftlicher Faktor
Ein sehr entscheidender Faktor des Sieges war, dass die Spanier über Waffen und eine sehr fortgeschrittene Kriegstechnik verfügten. Von grosser Bedeutung und eine wertvolle Hilfe war auch ein wissenschaftliche Instrument - die Eroberer benutzten einen Kompass, um sich sowohl auf dem Seeweg als auch in den riesigen amerikanischen Territorien orientieren zu können.

Religiöser Faktor
Seit dem Beginn der grossen geographischen Entdeckungen zeigte die Kirche aussergewöhnliches Interesse an der Verbreitung des Christentums. Dank der Spanier, die führende katholische Nation, und die Arbeit der Missionare wurden die christlichen Ideale in der Neuen Welt verbreitet. Viele der Missionare wurden berühmt als Märtyrer dieser brillianten aber aufopfernden Missionarstätigkeit. Sie waren aber auch tapfere Verteidiger der einheimischen Bevölkerung, um diese vor den täglich wachsenden Ausbeutungen zu schützen.